影片讲述的是一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次对自我感到迷茫。超梦回到复制自己的岛屿，决定开始它的复仇之战。与此同时，小智和皮卡丘等一行人接收到了一封神秘人的邀请函，邀请参加世界最强的宝可梦训练家宴会。等他们穿过了狂风暴雨的海岸终于到达了新岛时，没想到在大家面前出现的竟然是超梦。