世界上的5个场所忽然出现了通往异世界的门扉，来自5个不同时间轴上的地球未来世界的异形生物——Z/X降临，随即开始了侵略人类与5个世界签订了休战协议，世间迎来了短暂的和平。 在青之世界过着住院生活的各务原安昙被聚集了众多优秀少女玩家的学院——富士御崎学院选为了第1期的入学生，于是与她的搭档莉洁尔前往学校，但是在入学式中，却遭受了正体不明的敌人的攻击。 混乱中的学生、被破坏的学院，新生们从入学第一天开始就投身于战斗中。